Em posição dominante sobre uma colina, cruzava fogos com o Forte do Barbalho, com o qual cooperava. No século XIX se tornou uma prisão de escravos e no século XX recebeu presos políticos durante o Regime Militar. A Casa de Detenção foi desativada em 1976. No início de 1979, as instalações do forte foram ocupadas pelo Bloco Carnavalesco "Os Lord´s". Tombado pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN) desde 1981, ainda nesse ano passou por uma reforma para abrigar o Centro de Cultura Popular. A implantação deste contou com o apoio do Instituto do Patrimônio Artístico e Cultural do Estado da Bahia (IPAC), da Fundação Cultural do Estado da Bahia (FUNCEB) e da Prefeitura Municipal de Salvador.
No período de 1982 a 1988, o Bloco Afro Ilê Aiyê realizou os seus ensaios no terrapleno da fortificação. Em 1990, as atividades do Centro de Cultura Popular foram praticamente desativadas, tendo permanecido no local apenas duas escolas de Capoeira, o Centro Esportivo de Capoeira Angola, do Mestre João Pequeno, e o Grupo de Capoeira Angola Pelourinho, de Mestre Moraes.
O projeto "Forte da Capoeira" em 1997, visando recuperar e reformar a estrutura física do imóvel, permitindo que nele se desenvolvessem atividades artísticas e culturais que garantissem a sua utilização e preservação, o Ministério da Cultura e o Governo do Estado, através do IPAC, iniciou estudos que levaram à elaboração de projeto de restauro. O tema que garantiu a identidade cultural e a autossustentação do forte foi a Capoeira, uma vez que as suas instalações vinham sendo utilizadas desde 1981 pela Academia de João Pequeno, discípulo de Mestre Pastinha, e pelo Mestre Eziquiel, discípulo do Mestre Bimba. Posteriormente, o segundo pavimento passou a ser utilizado pelo Grupo de Capoeira de Angola Pelourinho (GCAP), de Mestre Moraes.
A partir das ações da ONG Associação Brasileira de Preservação da Capoeira – Forte da Capoeira, com o apoio do Governo do Estado, através da Secretaria da Cultura e Turismo (SCT), é que foram disponibilizados os recursos para a recuperação e restauro do monumento. No local foi implantado um pátio para atividades coletivas com cerca de 800 metros quadrados, um memorial alusivo aos grandes Mestres da Capoeira baiana (com objetos pessoais, bibliografia, fotos e vídeos) e seis salas de aula para a prática da Capoeira. A estes se somam ainda espaços para videoteca, biblioteca, oficina de fabricação de berimbaus, caxixis e pandeiros. Complementarmente, os capoeiristas contam com um anexo, composto de duas áreas externas de recreação, quadra poliesportiva e parque infantil, utilizados como espaços de lazer pela comunidade do local e de bairros vizinhos.
Após a conclusão das obras de reforma em fins de 2006, o forte foi reaberto como Forte da Capoeira – Centro de Referência, Pesquisa e Memória da Capoeira da Bahia, instituição que tem por objetivo preservar e promover a Capoeira. O Forte da Capoeira representa, de certa forma, o lugar social ocupado contemporaneamente pelos praticantes. A Capoeira já está representada em diversas atividades artísticas como a dança, a música e o teatro. Nas atividades relacionadas à educação física, ela assumiu papel primordial, seja na educação de crianças ou adultos. Como veículo de comunicação, de integração de desenvolvimento de sociabilidades e de tratamentos psicológicos. Entre as lutas marciais, possui lugar de destaque na formação dos lutadores brasileiros que se tornaram grandes referenciais internacionais, como Anderson Silva, Aldo Ribeiro, Pedro Rizzo, entre outros.
O Forte da Capoeira ainda é lugar de concentração política e formação cultural dos praticantes. No Forte onde ocorrem seminários, palestras, festivais locais, nacionais e internacionais de Capoeira, debates variados que incluem a questão do reconhecimento profissional dos capoeiristas, desenvolvimento de projetos variados, exposições, apresentações da Capoeira e diversas outras atividades também produzidas pelos Mestres da Capoeira, como o maculelê, o samba de roda, a puxada de rede e outras expressões culturais populares. Hoje diversos Mestres e seus grupos ocupam o Forte da Capoeira enquanto espaço de treinamento da capoeira: Mestre João Pequeno (representado por seus discípulos), Mestre Morais, Mestre Nenel, Mestre Boca Rica, Mestre Curió, Mestre Pelé e Mestre Bola Sete.